Agar.io tiene varios modos de juego hasta la fecha de Agosto de 2015. Estos modos de juego no son iguales, tienen propositos distintos.
FFA (Free for all)
El modo FFA (o Free for all) es el modo común de agar.io en el que comes, o eres comido.
Teams
Este modo de juego es distinto al normal.
Aquí se compite en tres equipos por llegar a tener el mayor ranking en el leaderboard del mapa, aquí el equipo que tenga mayor masa, gana.
Si eres del mismo equipo y tratas de entrar dentro de alguien del mismo equipo, no podrás, y al instante, tú celula tocará a la otra.
Experimental
Este modo de juego es casi igual al FFA, solo que aquí hay una diferencia.
En los mapas de "Experimental", hay virus rojos, que sirven para alimentar a los jugadores.
Party
No, este modo de juego no es una fiesta.
En si no es un modo de juego, es una opción que sirve para añadir una parte adicional a la URL, que servirá para invitar a tus amigos a jugar.